Huyện Thủy Phú được thành lập ngày 14-8-1981 trên cơ sở 2 công xã Thái Bình (太平), Hội Nghi (会仪), 2 đại đội Tân An (新安), Tân Thọ (新寿) của huyện Tuy Giang, công xã Lưỡng Oản (两碗) và khu dân cư Thủy Phú của huyện Diêm Tân.

Ngày 7-9-2018, thành lập thành phố Thủy Phú trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Thủy Phú. Trụ sở chính quyền thành phố đóng tại số 3, đường Nhân Dân Đông, nhai đạo Vân Phú.